Высшим органом Союза является Общее собрание членов Союза.

Коллегиальным исполнительным органом Союза является Правление, которое избирается Общим собранием и осуществляет общее руководство деятельностью Союза в период между заседаниями Общего собрания. В состав Правления по должности входят Президент Союза, вице-президенты и ассоциированные вице-президенты, Генеральный директор Союза и Председатель Экспертного Совета Союза.

Обеспечение деятельности руководящих органов Союза осуществляет Исполнительная дирекция.

В Союзе сформирован экспертный совет, который первым в России выстроил свою работу в формате Проектных офисов. В состав Проектных офисов входят лидеры экспертного и научного сообщества, главы городов и представители других органов власти. Формирование временных объединений экспертов позволяет в краткие сроки находить наиболее выгодные решения поставленных задач.

Сегодня в составе Союза действует 12 проектных офисов по таким важным темам, как «Прогрессивное ЖКХ», «Международные отношения», «Муниципальный контроль», «Муниципальный бюджет», «Вода и городская экология», «Энергоэффективность и устойчивое развитие», «Информационные и цифровые технологии», «Стратегическое планирование», «Государственное и муниципальное частное партнерство», «Совершенствование системы местного самоуправления», «Медицинский туризм», «Живое наследие».