Высшим органом Союза является Общее собрание членов Союза.

Коллегиальным исполнительным органом Союза является Правление, которое избирается Общим собранием и осуществляет общее руководство деятельностью Союза в период между заседаниями Общего собрания. В состав Правления по должности входят Президент Союза, вице-президенты и ассоциированные вице-президенты, Генеральный директор Союза и Председатель Экспертного Совета Союза.

Обеспечение деятельности руководящих органов Союза осуществляет Исполнительная дирекция.

В Союзе сформирован экспертный совет, который первым в России выстроил свою работу в формате Проектных офисов. В состав Проектных офисов входят лидеры экспертного и научного сообщества, главы городов и представители других органов власти. Формирование временных объединений экспертов позволяет в краткие сроки находить наиболее выгодные решения поставленных задач.

Сегодня в составе Союза действует 16 проектных офисов по темам:

• "Муниципальный контроль
• "Энергоэффективные города"
• "Прогрессивное ЖКХ"
• "Вода и городская экология"
• "Демография и здоровье граждан"
• "Транспортно-логистический каркас города"
• "Законы о местном самоуправлении"
• "Муниципальный бюджет"
• "Комплексное развитие городских территорий"
• "Городские стратегии"
• "Муниципальное имущество и МЧП"
• "Достойная городская среда"
• "Креативные города"
• "Образование и просвещение"
• "Наследие и культурная идентичность"
• "Гостеприимные города"

Подробнее с итогами работы проектных офисов можно ознакомиться в отчете Союза российских городов за 2024 год.